Joaquin urodził się w Portoryko. Był trzecim dzieckiem Johna i Arlyn Bottomów, przed nim był o cztery lata starszy River i o rok starsza Rain. Rodzice byli członkami sekty The Children of God, więc wędrowali po Ameryce Łacińskiej, werbując nowych członków sekty. Zarabiali przy zbiórkach owoców, a dwoje starszych dzieci tańczyło i śpiewało na ulicach. Urodziła się Liberty.
W 1977 roku rodzice wystąpili z sekty i wrócili do Stanów Zjednoczonych. John przyjął nazwisko Phoenix, a Joaquin zmienił imię na Leaf. Tam po roku urodziła się Summer. Leaf ze starszym rodzeństwem zaczął występować w konkursach młodych talentów. Pojawiła się myśl żeby dzieciaki spróbowały sił w filmie. Ojciec kupił furgonetkę i w ten sposób rodzina przeprowadziła się do Kalifornii. Matka dostała posadę w NBC, a dzieciaki zaczęły występować w reklamach. Joaquin zagrał w serialu „Murder, She Wrote".
Pierwszą rolę w filmie dostał w 1986 r. w „SpaceCamp". Potem były jeszcze dwa seriale i film Rona Howarda „Spokojnie, tatuśku".
W 1993 roku zmarł River wskutek przedawkowania narkotyków, Joaquin był przy nim do końca.
Kolejną rolę przyjął dopiero w 1995 roku, był to film „Za wszelką cenę" Gusa Van Santa. W kolejnym filmie zagrał dwa lata później był to film „Abbottowie prawdziwi" Pata O'Connora. W tym samym roku zagrał w filmie Olivera Stone'a „Droga przez piekło", zagrał u boku takich gwiazd jak Sean Penn, Nick Nolte, Billy Bob Thornton. W 1998 roku zagrał w „Drodze do raju" Josepha Rubena i w „Clay Pigeons" Davida Dobkina. W obu partnerował mu znajomy Vince Vaughn. W 1999 roku zagrał z Nicholasem Cage w „8mm" Joela Schumachera. Rok 2000 przyniósł dwa kolejne filmy. „The Yards" Jamesa Graya i „Gladiator" Ridleya Scotta, w którym wcielił się w postać cezara Kommodusa.
Nagrody i nominacje:
Oscary:
2001 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor drugoplanowy w filmie „Gladiator”;
2006 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor w filmie „Spacer po linie”;
2013 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor w filmie „Mistrz";
2020 r. - wygrana w kategorii: najlepszy aktor w filmie „Joker".
Złote Globy:
2001 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor drugoplanowy w filmie „Gladiator”;
2006 r. - wygrana w kategorii: najlepszy aktor w komedii lub musicalu za rolę w filmie „Spacer po linie”;
2013 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor w dramacie za rolę w filmie „Mistrz";
2014 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor w musicalu lub komedii za rolę w „Ona";
2015 r. - nominacja w kategorii: najlepszy aktor w musicalu lub komedii za rolę w „Inherent Vice";
2020 r. - wygrana w kategorii: najlepszy aktor w dramacie „Joker".
Międzynarodowy Festiwal Filmowy w Wenecji:
2012 r. - przyznano Puchar Volpi dla najlepszego aktora w „Mistrz".