Nie jest znana dokładna data rozpoczęcia budowy archikolegiaty. Być może nastąpiło to w roku 1149 z inicjatywy metropolity gnieźnieńskiego Janika. Konsekracja kościoła, być może jeszcze w pełni nie ukończonego, odbyła się 21 maja 1161. Kościół jako patronów otrzymał – tak jak znajdujące się tu wcześniej benedyktyńskie opactwo – Najświętszą Marię Pannę i św. Aleksego.